主要有选择性内耳毛细胞中毒学说：证实了累积性耳中毒的发生机理。庆大霉素对肾脏也有毒性损伤，使庆大霉素从内耳液排出更加缓慢而加重中毒。
血－迷路屏障学说：鉴于人体血－脑屏障能阻止许多毒性药物进入脑组织，因此可能存在血－迷路屏障。一旦耳毒性药物损害了这一屏障，就会发生毛细胞的损害。
抑制蛋白合成学说：一些学者发现中毒细胞的受损结构是能合成蛋白质的细胞核和核糖体，认为耳中毒生化机制可能是蛋白质合成障碍，因而使毛细胞发生损害。
干扰细胞代谢学说：有研究发现，耳毒性药物可干扰内耳细胞的正常代谢，使其发生紊乱，因而损害了内耳结构，造成功能障碍。
变态反应学说：耳毒性药物所致的听力和前庭功能障碍，主要是机体敏感性和过敏反应所致，其次是药物过量所致中毒反应。有学者认为，耳中毒的易感性常表现有家族遗传性。
